A Last Order elején Zalemben, a lebegő városban járunk, ahol Desty Nova pofesszor és segédje, Caesy Roscoe nanorobotok segítségével regenerálják Alita agyát, majd Nova új testet ad neki, az Imaginost. Az új test a Berserker test tökéletesített változata, Nova újításai alapján. Míg Alita mély regeneráló álomban volt, Zalem városa teljesen megváltozott körülötte. Fény derült a "zalemiek titkára", és ennek nyomán felkelések törtek ki, gyilkos egészségügyi robotok és elkeseredett öngyilkosságok tizedelték a lakosságot. A város polgárai két táborra szakadtak. Casey Roscoe lett az egyik tábor vezetője. Alita akarva-akaratlanul is belekeveredik a harcokba, így az akció szintén nem marad el. Az eredeti mű szereplői mellett feltűnnek újak is, valamint Alita múltjából is új morzsákat kapunk. A látványos csaták ebben a kötetben is viszik a prímet.

A manga a Manga Birodalom oldalon folytatódik.